在神舟三号飞船上进行的科学实验有这样几项:一个是空间生命科学,它主要包括了两台设备,就是空间蛋白质结晶装置和空间细胞反应器。空间材料科学试验的设备,主要是多工位晶体生长炉。地球环境监测试验,主要包括了三台设备也就是太阳常数监测器,太阳紫外光谱监视器和地球辐射收支仪。空间环境预报与监测试验包括三台设备,也就是大气成分探测器和大气密度探测器。另外有一台是飞船里主要的载荷,叫做中分辨率成像光谱仪。这是继1999年美国之后,世界上第二台进入太空的中分辨率成像光谱仪。